Si diciamo che era nella posizione di sapere che Rhaegar non aveva propriamente rapito/stuprato Lyanna, sa anche della profezia ed è probabile che sapesse anche che Rhaegar stava cercando di farla avverare, da lì a fare 2+2 su Lyanna che muore > Ned che torna a casa con un "bastardo" è breve.
Senza contare che pensandoci, Benjen è praticamente l'unica persona con cui Ned possa essersi confidato sull'argomento, in grado di capire la situazione senza mettere a rischio la vita del bambino. Sarebbe probabile che in tanti anni l'argomento tra Benjen e Aemon sia saltato fuori almeno una volta.
L'unica cosa che non torna al 100% è che Aemon è fermamente convinto che sia Daenerys il principe, conoscendo la profezia avrebbe dovuto dedurre che comunque "la canzone del fuoco e del ghiaccio" descrive meglio Jon (Targaryen+Stark) che Daenerys. Oppure avrà pensato che Daenerys fosse il principe e Jon una delle tre teste di drago, comunque da non escludere come possibilità.