Acrobat è diventato pesantissimo e lo evito come la peste da anni. Personalmente mi trovo da Dio con PDF X-Change.
Chrome li apre perchè in alcune pagine parte in automatico la visualizzazione in-browser anzichè il dowload e l'apertura del file. Qualche anno fa la cosa mi dava problemi con qualche sw a lavoro ed avevo trovato il modo di evitarla e lasciare sempre tutto gestito dal lettore PDF, se googoli dovresti trovare facilmente la soluzione. Nel caso di acrobat reader poi dovrebbe piazzarti lui una sua estensione/plugin in Chrome.