Incidentalmente sono stato in entrambi i posti nello stesso viaggio, ed era pure un viaggio di nozze (2017).
Per quanto riguarda lo Yamadera , è un tempio molto bello in un mini paesino montano, sono 1000 gradini da scalare ma non è pesante, e se la giornata buona è uno spettacolo! Secondo me vale la visita, ma si trova sperduto nel mezzo del nulla, turisticamente parlando ( e non solo): personalmente mi ero fermato una notte a Yamagata per vederlo , andando in giornata col treno, e poi ero ripartito alla volta della zona di Aomori.
Volendo però si può anche vedere da Sendai, dove stata Nanatsu, che è comunque una città con qualche attrattiva in più (lascia perdere il villaggio delle volpi li in zona, per carità) , ma ti lascio a lui per i dettagli su di essa, ci son stato di passaggio e per sfortuna (e mia mala-organizzazione) non siamo riusciti ad incontrarci :(
Per quanto riguarda Kanazawa è già di per sè una città, quindi hai sicuramente più attrazioni, anche se non ci spenderei più di una/due notti: c'è il Kenroku-en, un bellissimo giardino, considerato tra i più belli del giappone, puoi visitare alcuni quartieri tradizionali ed il castello. Sicuramente ci sono più cose da fare che a Yamadera.
Se dovessi scegliere tra le due punterei più sulla zona di Kanazawa, non tanto Kanazawa in sè e per sè, ma per le alpi Giapponesi facendo un passaggio da Nagoya, bella città secondo me, e visitando la zona delle Alpi giapponesi passando per Takayama , e magari facendo la camminata Tsumago - Magome.
Considera anche che lo Yamadera si visiterà in qualche ora, toh metti mezza giornata se vuoi fermarti per bene e vedere la zona, ma non di più; se hai il railpass, non è comodissimo perchè son 2h30 di treno, ma potresti valutarlo anche come gita in giornata da Tokyo. Personalmente è molto bello, e l'esperienza di fermarsi a Yamagata molto interessante, ma non è indispensabile.
Riflettevo anche sulla durata del viaggio, se usate solo 15 giorni (fossi in voi aggiungerei almeno una settimana) , mi focalizzerei sul classico Tokyo/Kyoto/Osaka (e magari Hiroshima), già così non troverete il tempo di vedere tutto, aggiungere tappe un po' fuori rotta in due settimane rischia di farvi fare tutto di fretta. Questo ultimo discorso vale ovviamente solo se è la vostra prima volta in Giappone.