Vabbè sei te che la stai complicando xD
Potrebbe semplicemente essere un open world dove alcune cose richiedono che tu faccia roba prima per potervi accedere (l Arena col capopalestra roccia, e tu che ti rendi conto che ti smazzolano male subito e quindi torni dopo aver livellato, come fin da Pokemon Rosso/Blu , per dire), per il resto c'è roba che puoi incontrare in ordine sparso e che si attiva a seconda di dove sei (e magari di con che pokemon sei, non so, dettagli vari)...e per il resto, si puo' sempre utilizzare roba stile che ti serve il pokemon che si faccia strada attraverso determinate barriere, etc.
Insomma, si può sempre arrangiare il tutto perchè funzioni.