Hanno una filosofia diversa, 500px (a meno che di non pagare) permette caricamenti limitati delle foto (un tot al giorno/settimana), è molto incentrato sulla singola foto (c'è anche tutto un sistema di voti ecc con la classifica delle foto più viste/votate ecc)...
Flikr invece è più votato alle raccolte fotografiche/album...puoi caricare anche 50 foto al colpo creando un album ecc e hai 1TB di spazio...è anche più pensato per la ricondivisione di album e foto (visto che oltre ai classici condividi sui social, ti genera anche il codice per incorporare le foto e album nei forum/siti...), 500px (a meno che di recenti cambiamenti non va oltre ai classici share su FB/ecc).
Personalmente li uso entrambi, su flikr ci carico interi set fotografici/album e mi fa da raccolta...su 500px giusto le/la foto che merita di più e lo tengo come "portfolio" con solo le cose "migliori"