No, l'ultimo passaggio prima dell'installazione chiede se vuoi mantenere "dati personali" e "app"; se togli la spunta a entrambe tutto quanto sarà spostato in C:\Windows.old e lì rimarrà almeno 10 giorni (se ricordo bene) prima dell'eliminazione automatica durante le attiivtà di manutenzione.
Consiglio fortemente di copiare le cose importanti in un'unità esterna prima di cominciare (cosa che dovresti fare comunque regolarmente).