Comunque al momento sto controllando gli hdd del raid per vedere se va tutto bene, ho fatto controllare e correggere il filesystem da windows, il disco 1 tutto ok, il secondo ha effettivamente trovato degli errori che ora ha teoricamente corretto.

Ora sto eseguendo un cotrollo con hdtune per vedere se presentano settori danneggiati o altro, del disco 1 ho fatto il test veloce e dice tutto ok (non so quanto sia attendibile però), con il 2 sto facendo il test approfondito, penso lo farò anche del disco 1.

Del disco 1 quando vado a fare un'immagine con il programma di backup TodoBackup il backup non parte (la schermata sta ferma in fase di inizializzazione), quando annullo dice che c'erano dei problemi nel filesystem da correggere e di fare il backup settore per settore...però windows non evidenzia nessun problema.
Temo però possa dipendere anche dal lettore dischi che sto usando che è na cosa cinese da 20 euro...magari provo a montarlo su un box più serio.

P.s. avete eventualmente un programma di backup da consigliare?

Io pensavo di procedere così:
backup (immagine) dei 2 dischi.
appurati che sono entrambi "buoni", pensavo di formattarne uno dei due rimontarli in raid e fare in modo che si ricreasse la copia.

In caso di problemi o se dovessi ripristinare un backup fatto con un immagine del disco, non serve spero che il disco dove vado a ripristinare il backup sia "identico", immagino che il solo requisito sia che sia sufficientemente capiente.