Dal tool o da ISO (l'immagine scaricate) è volendo la stessa cosa.
Con l'ISO puoi scegliere l'installazione pulita, ma non è che devi... puoi installare "sopra".

L'installazione pulita parte da zero e magari non trova tutti i driver "perfetti", mentre l'installazione "sopra" beneficia del aver riconosciuto per bene l'hardware con driver già funzionanti.