Quelle volte che nel sito di supporto della MS dicono di usare programmi di terze parti (a loro, per esempio, piace Wise Registry Cleaner) specificano sempre che vanno intesi come programmi da usare solo in caso di problemi, mai per presunte ottimizzazioni periodiche.
Se ti fidi di me e lanci il setup da sistema già avviato non devi formattare niente.
(Non so dirti, però, se la tosse resta o meno, ma tanto a questo punto...)