Ho trovato lnkedit, utilità da riga di comando, non l'ho provato su Windows 10. Puoi fare uno script batch che sostituisca la prima parte del percorso di destinazione di ogni scorciatoia.
Una via più nerdosa ma efficace sarebbe creare collegamenti fisici al singolo file in ogni cartella che ti interessa. Le icone appaiono tutte come dei normali file, ma in realtà aprono e scrivono sullo stesso.