Sulle icone doppie, prova a fare click destro -> altro -> apri percorso file e guarda se i doppioni hanno lo stesso percorso.

Da Windows 8 in poi (in teoria c'era anche prima, ma da 8 si nota di più) ci sono 2 menù Start; uno generale e uno per singolo Utente.

Alcuni collegamenti finiscono in quello generale e altri in quello dell'utente; solitamente Windows mostra, nel caso di doppioni, un solo collegamento; magari ti si è sbragata sta funzione.