Ho pensato come cercare di risolvere questa imbarazzante situazione.

1. Tolgo uno dei due dischi
2. Lo formatto come si deve con controllo dei settori
3. Se è OK, copio tutti i dati del disco RAID rimasto su quello formattato
4. Tolgo anche il disco rimasto
5. Metto quello con i nuovi dati, senza raid, nel sistema

a questo punto se il sistema continua a bloccarsi allora il problema va ricercato altrove.
Escluso il sistema operativo visto che si blocca anche sotto Linux, sarebbe interessante verificare se anche con una distro bootata da USB si blocca o meno.