Ai tempi di XP, pre SSD, avevo il sistema su un Raid0 per le performance (credo 40GB, non ricordo se totali o dei singoli drive).
Mai avuto problemi.

Potrebbe essere che il controller ha qualche fastidio e "lagga"... ma improbabile.

Mi sembra molto strano non si possano usare i dischi singolarmente, magari devi semplicemente disattivare il controller Raid.