Per quanto ne so, se il RAID è fatto a livello fisico, il SO non dovrebbe crearti problemi; sarebbe stato diverso se tu avessi fatto il RAID a livello software da "Gestione del disco" di Windows.
Punterei più il dito sul fatto che dici di aver clonato il SO: proverei a fare un'installazione "pulita" (alla peggio, potrai sempre tirar su il clone).

Come detto da GeeGeeOH, è strano che tu non possa utilizzare una configurazione a dischi singoli;
dovresti avere, in fase di boot, la possibilità di entrare in un menù apposito che ti permette di gestire tutte le opzioni di RAID e di disbilitarlo; nell'unico RAID che ho fatto (nel 2015), mi pare si entrasse con la combinazione CTRL+I, ma probabilmente cambia in base alla scheda madre.