L'unico modo è formattare/reinstallare
E si, salva solo le impostazioni DEL TELEFONO, le app possono fare anche loro un backup ma è a discrezione dello sviluppatore, ad esempio i giochi tendono a ripristinare i salvataggi basandosi su Play games, alcune app hanno il backup nativo (Syncthings ad esempio si è ripristinata da sola) e altre ancora devi per forza riconfigurarle (app delle banche in primis)