Lei sa che Jon è al fianco di Danereys ed è il "Re del Nord", gli basta questo per capire che se ammazza lei poi lui probabilmente continuerà la sua crociata, anche perchè non è che ha pochi motivi per vederla morta.
Ipoteticamente Cersei è in una posizione di netto vantaggio a livello di truppe e ha una forbice di successo estremamente elevata visto che ha dimostrato che è più forte pure sul mare. Ammazzare Daenerys non risolveva il problema ma rischiava che a lungo andare anche i lord di westeros che ora la supportavano cambiavano casacca. Aspettare e seccare pure Snow le risolveva più cose.
Poi che pure io avrei urlato : DIE MOTHERFUCKER e sparato con le balliste pure di vecchia città è n'altro discorso