Se hai la GOTY puoi installare i mod.
Comunque, una volta finito il gioco, ci sono vari mod che si possono provare:
ZODIAC, è uno spin off amatoriale è ambientato dopo certi avvenimenti del gioco base;
Malkavian mod, che va giocato assolutamente anche se non è ancora completo (ecco un paio di video che lo dimostrano: http://www.youtube.com/watch?v=uZtea9XsPt4 http://www.youtube.com/watch?v=-faAQIjbJZE );
Hotel Carone, è un breve spin off ed è ambientato a circa 1/4 del gioco.
I seguenti mod non li ho provato ma sembrano interessanti:
Deus Ex: Nihilum, ambientato in una versione alternativa di Deus Ex;
The Nameless Mod, total conversion;
Deus Ex Unreal Revolution,;
2027, prequel amatoriale di Deus Ex;
Redsun 2020, total conversion ambientata nello stesso universo di Deus Ex e impersoni un altro agente nano potenziato.